Ricky Martin được nuôi dạy trong môi trường Thiên Chúa giáo nhưng Martin nói rằng anh đón nhận tất cả các loại tín ngưỡng tôn giáo, đặc biệt là triết học Phật giáo. Martin bắt đầu tập yoga sau chuyến đi Thái Lan vào năm 1997.

Martin có mối quan hệ úp mở với nữ MC truyền hình Mexico Rebecca de Alba trong hơn 14 năm. Martin đã có lúc cân nhắc dự định cầu hôn với cô ấy.

Tháng 8 năm 2008, Martin trở thành cha của hai con trai sinh đôi, Matteo và Valentino, nhờ phương pháp mang thai dùm.

Ngày 29 tháng 3 năm 2010, Martin công khai mình là người đồng tính nam trong một bài đăng trên trang web chính thức của anh. Năm 2011, trong bài phát biểu khi nhận giải Vito Russo tại Giải thưởng Truyền thông GLAAD lần thứ 22, Martin công khai cảm ơn bạn trai của anh, nhà kinh tế học Carlos González Abella. Tuy nhiên mối quan hệ tình cảm của anh với González Abella kết thúc vào tháng 1 năm 2014.

Martin cũng bày tỏ sự ủng hộ hôn nhân đồng tính trong talkshow Larry King Live. Ngày 12 tháng 11 năm 2012, Ricky Martin phát biểu tại Hội nghị Về Đồng Tính của Liên hợp quốc. Từ tháng 4 năm 2016, anh bắt đầu hẹn hò với bạn trai mới - Jwan Yosef, một họa sĩ người Thụy Điển. Hai người công bố đính hôn vào ngày 16 tháng 11 năm 2016 trong chương trình Ellen DeGeneres Show. Tháng 1 năm 2018, Martin thông báo rằng anh và Yosef đã kết hôn.